Reakciou na vznik počítačových vírusov boli rôzne antivírové programy. Na detekovanievírusov používajú rôzne mechanizmy:
Scanner: scanner zisťuje prítomnosť víru v pamäti, alebo na disku pomocou vírových identifikačných reťazcov. Vírový identifikačný reťazec je jednoznačne definovaná postupnosť bytov reprezentujúcich daný vírus. Na zvýšenie účinnosti sa používa viac reťazcov na jeden vírus naraz.
Rezidentný štít: rezidentný štít je program, ktorý beží v reálnom čase. Najčastejšie je to program typu scanner, ktorý prevádza antivírovú kontrolu práve spracovávaných dát. Môže tak zakázať skopírovanie zavírených súborov z diskety na pevný disk, či zakázať spustenie infikovaného programu a pod.
Monitor diskových zmien: monitor sa zameriava na sledovanie zmien stavu v počítači, najmä spustiteľných súborov. Uchováva databázu popisov základných vlastností súborov, najmä dĺžku, dátum a čas poslednej aktualizácie a hlavne kontrolný súčet. Slabinou je prípad vírusov zameraných na zmazanie kontrolnej databázy.
Základnou a spoľahlivou metódou prevencie je zálohovanie. Najvhodnejšie je zálohovanie viacerých verzií na viac médií naraz. Keďže sú málo rozšírené vírusy napádajúce komprimované archívy, je vhodné do takýchto archívov svoje zálohované údaje ukladať. Pri liečbe je vhodné používať viac druhov softwaru naraz. Vždy treba mať k dispozícii nezavírenú systémovú disketu obsahujúcu základné vybavenie pre čistenie master boot record(FDISK s prepínačom /MBR), boot sectora (SYS C:) spolu so scannerom, heuristickým analyzátorom a cleanerom. V každom prípade netreba pri nákaze prepadnúť panike, ale zistiť čo najviac informácii o víruse pred podniknutím ďalších krokov a v prípade neistoty prenechať odvírenie skúsenejšiemu antivírovému odborníkovi.
Vírusy sa šíria aj Internetom a elektronickou poštou, najčastejšie však otvorením nejakej neznámej pošty alebo prílohy v emaile. Je preto potrebné neotvárať neznámu poštu alebo aspoň prílohy v nej. Najnebezpečnejšie vírusy ako bol napríklad I love you sa šírili práve týmto spôsobom. Veľmi dôležité sú preto aj firewally.